Um determinado dia, um livro falante chamado Mr. E cai do céu na ilha onde os Yoshis vivem. As páginas do Mr. E estão repletas de criaturas por descobrir e ele desafia os Yoshis a mergulharem nelas e a aprenderem mais sobre as mesmas. Porém, não estão sozinhos: parece que o Bowser Jr. e o Kamek também estão à procura da sua própria descoberta.
Deixe a curiosidade guiá-lo enquanto interage com as criaturas peculiares que o Yoshi encontra e descubra tudo sobre elas. Algumas cultivam alimentos para o Yoshi comer, outras sopram bolhas que ele pode usar para flutuar e outras ainda cantam quando ele salta em cima delas. Ao examiná-las, o Yoshi pode saltar para cima delas, carregá-las às costas, engoli-las para ver qual é o sabor e muito mais.
Utilize as habilidades do Yoshi para fazer todo o tipo de descobertas sobre as criaturas e a forma como interagem com os ambientes em que se encontram. Cada descoberta pode abrir caminho para novas explorações e mais descobertas. Pode inventar um novo nome para cada uma das criaturas recém-descobertas ou pedir ao Mr. E que sugira um. Os jogadores podem dar asas à imaginação, fazer experiências e catalogar as suas descobertas para preencher as páginas do Mr. E.
Cada um dos capítulos do Mr. E oferece novos locais fascinantes para o Yoshi investigar. À medida que avançam no jogo, os jogadores desbloqueiam mais capítulos do livro, ampliando as suas oportunidades de investigação. Desde zonas florestais e cumes de montanhas ventosos até praias ensolaradas e selvas infestadas de insetos, cada capítulo está repleto de habitats únicos para os objetos de estudo do Yoshi.
Além disso, os jogadores podem utilizar figuras amiibo compatíveis todos os dias para ganhar mais fichas, que podem ser usadas para desbloquear dicas sobre descobertas.
